Per a l'assoliment d'una part dels seus objectius, la Fundació es val de les Comissions de Treball que tracten de qüestions que pel seu contingut, per la seva temàtica, o pel seu interès sobrepassen el marc de les seccions. D'aquí que, a diferència de les Seccions, poden formar part de les Comissions persones que no necessàriament pertanyin a la Fundació. Les Comissions són creades per la Junta Directiva seguint criteris de paritat de gènere, interdisciplinarietat i pluralitat d'opinions i, aquestes, tenen l'objectiu de redactar un informe sobre el tema a tractar. Aquest informe es presenta a la Junta Directiva per a la seva aprovació i, seguidament, es dóna a conèixer entre el conjunt de membres de l'entitat i, si es creu oportú, s'envia als òrgans competents del tema tractat.